Il borgo di San Fruttuoso si trova immerso nell’ Area Marina di Portofino. Lo specchio acqueo antistante il borgo è soggetto alle restrizioni del Parco stesso.
Per chi arriva a San Fruttuoso con la propria barca sono disponibili gli ormeggi dell’Area Marina Protetta di Portofino.
Le zone di rada sono due, a destra ed a sinitra del canale di accesso che porta al borgo.

La zona di Levante (entrando a destra) ospita le barche di lunghezza massima di 7,5 mt ed è composta da 22 boe di colore bianco.

La zona di Ponente (entrando a sinistra) ospita le barche di lunghezza inferiore a 24 mt ed è composta da 15 boe di colore rosso.

Una volta ormeggiati si sconsiglia l’uso del tender in quanto è vietato lasciarlo alle banchine e la spiaggia di solito è gremita di bagnanti. Gli ormeggiatori offrono un servizio navetta a pagamento.